Der Hafen verfügt über rund 25km hafeneigenes Gleisnetz und ist elektrifiziert an das europäische Eisenbahnnetz angebunden. 14 der 17 Liegeplätze sind mit einem direkten Gleisanschluss ausgestattet und der hafeninterne Rangierbahnhof mit 18 Gleisen bietet beste Voraussetzungen für die Bildung von Ganzzügen. Die Eröffnung der neuen Eisenbahnüberführung bringt neben der Erneuerung der Gleise auch kürzere Rangierwege für den Seehafen Wismar mit sich.
Rund 50% der für den Seeumschlag bestimmten Güter kommen bereits per Schiene in den Hafen. Eine erstklassige Anbindung des Standortes an das Bahnnetz ist daher ein wichtiger Faktor für den Seehafen Wismar und ein wertvoller Beitrag zu Green Logistics.